Больница была основана в 1844 г. по инициативе Великой княгини Елены Павловны. Основана она была как бесплатная больница для детей из бедных семей и их родителей.

Корпуса Елизаветинской детской больницы были задуманы и построены архитектором Р. А. Гедике как комплексное лечебное детское учреждение, занимавшее сквозной участок от Рижского проспекта до наб. р. Фонтанки. Сооружены они были в 1869–1880-х гг.

Центральное здание (по наб. р. Фонтанки, 152) и два боковых флигеля образовывали курдонер. Угловые части фланкирующих корпусов были обработаны штукатурным рустом. Главный корпус был решен более парадно: его центральная часть была завершена треугольным фронтоном, а по боковым крыльям расположены спаренные колонны.

Здание амбулатории при Елизаветинской детской больнице, где сейчас располагается станция скорой помощи, было построено в 1887 г.

В очерках, посвященных жизни города в XIX в., составленном в1874 г. Владимиром Михневичем «Петербург весь на ладони», есть краткое упоминание: «Детская Елисаветинская клиническая больница для бедных детей, у Калинкина м., 146. Кроватей 80. В том числе 10 для грудных детей и 20 для зараз. сыпи».

Нумерация домов в городе постоянно менялась.

На время основания больницы — 1844 г. — это был участок № 9 (сквозной, до наб. р. Фонтанки, 152).

По Рижскому пр. сегодня дом находится под номером 21К. Нумерация по наб. р. Фонтанки у больницы сохранилась и на сегодняшний день.

В 1917 г. больницу переименовали в детскую больницу имени Луи Пастера, выдающегося французского микробиолога, разработавшего учение об инфекции и иммунитете. Об этом свидетельствует мраморная доска на фасаде здания по Рижскому проспекту.